Kolekcję szczepów drożdżowych niosących delecję poszczególnych genów wykorzystano już w wielu wielkoskalowych eksperymentach mających na celu poszukiwanie genetycznego podłoża określonych funkcji komórkowych. Zidentyfikowano np. kilkaset genów, których produkty zaangażowane są w procesy biogenezy mitochondriów i oddychania komórkowego, szereg genów biorących udział w procesie mejozy i wiele innych. W wielkoskalowych analizach funkcjonalnych wykorzystuje się często robotykę i zautomatyzowane systemy służące do jednoczesnej hodowli i analizy fenotypu tysięcy szczepów. Genom drożdży jest też punktem wyjścia dla pionierskich badań dotyczących oddziaływań między białkami na skalę całego genomu, czyli badania interaktomu komórki. Do badania oddziaływań wykorzystuje się techniki takie, jak system dwuhybrydowy i izolacja kompleksów przez chromatografię powinowactwa lub koimmunoprecypitację. Częściowe mapy interaktomu uzyskano też dla wielu innych zbadanych genomów, w tym Drosophila, Caenorhabditis i człowieka, jednak dane dla genomu drożdżowego są obecnie najbardziej kompletne.